劳动者上班未打卡，公司扣工资不合法。用人单位可根据考勤和绩效扣绩效工资。劳动者与公司发生工资争议可向劳动争议仲裁机构申请仲裁。对仲裁裁决不满可向提起诉讼。
法律分析
不合法。
劳动者上班了但是没打卡，公司要扣劳动者的工资是不合理的，用人单位可以根据考勤制度和绩效考核制度扣取部分绩效工资。
劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。
对仲裁裁决不服的，可以向人民提起诉讼。
拓展延伸
打卡迟到对劳动法规的影响及应对措施
打卡迟到对劳动法规的影响及应对措施是一个重要的问题。根据劳动法规定，员工应按时准时上班，迟到可能会违反劳动法规。迟到不仅会影响工作效率，还可能导致工资扣除或纪律处分。为了应对这一问题，雇主可以采取多种措施，例如加强员工守时意识的培训、设置打卡提醒系统、建立迟到惩罚机制等。同时，员工也应自觉遵守规定，提高时间管理能力，避免迟到现象的发生。通过雇主和员工的共同努力，可以有效减少打卡迟到对劳动法规的影响，并提升工作效率和员工满意度。
结语
在劳动争议中，劳动者应依法维护自身权益。对于打卡迟到等违反劳动法规的行为，雇主可采取相应措施，如加强培训和设立惩罚机制。劳动者也应自觉遵守规定，提高时间管理能力。通过共同努力，可以减少迟到对劳动法规的影响，提升工作效率和员工满意度。如发生劳动争议，当事人可向劳动争议仲裁机关申请仲裁，对仲裁裁决不服的，可以向人民提起诉讼。
法律依据
《工资支付暂行条例》第十五条
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（三）判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。